根据自治区党委编办《关于调整伊宁边境经济合作区管理委员会机构规格等事宜的批复》（新党编办〔2013〕106号), 伊宁边境经济合作区管理委员会机构规格调整为正县级, 为伊宁市人民政府的派出机构, 同时挂 “伊宁高新技术产业开发区管委会”、“伊宁苏拉宫工业园区管委会”牌子。伊宁边境经济合作区管理委员会(党工委)主要职责机构设置和人员编制规定如下：
        一、主要职责
     （一）贯彻执行党的路线、方针、政策,落实自治区、自治州、伊宁市委、人民政府的各项决定和重大部署。
     （二）负责边合区党的建设工作,加强纪律检查和行政监察工作。指导和督促边合区内各机关、企事业单位贯彻执行党的路线、方针、政策。
    （三）行使自治区赋予边合区的经济管理和审批权限。
    （四）负责编制边合区经济和社会发展规划、总体规划合有关专项规划，经批准后组织实施。
    （五）负责招商引资工作,按规定权限审批、审定、申报各类投资项目。
    （六）负责边合区高新技术产业的开发、管理和服务工作。
    （七）负责规划建设,基础设施和公共设施建设管理工作。
    （八）负责边合区财政预决算、国有资产管理、投资融资工作。
    （九）负责边合区各类进出口行政事务, 协调园区各类涉外事务。
    （十）负责边合区权限范围内的干部管理、机构编制、人力资源和社会保障工作。
    （十一）承担与上级相关部门、派驻地政府、部门及相关单位的沟通联系和协调职责。履行边合区相应社会管理和社会服务职能。
   （十二）承办自治州、伊宁市委、人民政府交办的其他事项。
    根据上述职责, 伊宁边境经济合作区管委会(党工委)设 7个工作部门(正科级) 。